Prodi S1 Farmasi UII didirikan pada tahun 1998 dan memperoleh Akreditasi B dari LAM-PTKes pada tahun 2015. Program studi ini bertujuan untuk menghasilkan sarjana farmasi ( S.Farm ) yang islami dan berkualitas bagi peningkatan pelayanan kesehatan serta kreatif dalam menciptakan lapangan kerja kefarmasian dan mampu berkompetisi di pasar global melalui pendidikan saintifik dan profesional. Prodi Farmasi memiliki dua bidang konsentrasi yaitu Farmasi Klinis dan Komunitas, serta Farmasi Sains dan Teknologi. Untuk merespon perubahan paradigma di dalam pelayanan kesehatan dimana semula berorientasi pada produk (drug oriented), sekarang menjadi berorientasi kepada pasien (patient oriented), maka diwujudkanlah keunggulan kompetitif program studi ini di bidang Farmasi Klinis dan Komunitas.

Selain itu program studi Farmasi juga mengembangkan keunggulan kearifan lokal di bidang Farmasi Sains dan Teknologi pada pengembangan bahan alam untuk digunakan sebagai obat dalam pelayanan kesehatan. Dalam upaya mendukung daya saing lulusan, maka program studi ini menjalankan sistem pembelajaran Student Center Learning disamping metode klasikal yang melibatkan keaktifan serta kemandirian mahasiswa dalam proses perkuliahan serta praktikum. Prodi Farmasi memiliki laboratorium yang memadai untuk mendukung proses belajar mengajar, praktikum dan penelitian.

Program studi ini juga memiliki sarana Pusat Informasi Obat, Pusat Studi Obat Herbal, Nanopharmacy Research Center dan Laboratorium Pengujian Obat, Makanan dan Kosmetik yang tersertifikasi ISO 17025 oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN). Prodi Farmasi memiliki kerjasama baik dengan institusi dalam negeri dan luar negeri antara lain Halal Science Center Thailand, Rangsit University Thailand, IIUM Malaysia dan University of Rhode Island USA.